1969年9月，殷海光的胃病再度惡化，9月12日被送進了醫院。醫生雖然努力搶救，但因癌細胞擴散全身，到了9月13日，殷海光已奄奄一息。夏君璐知道丈夫這次恐怕撐不下去，只得堅強起來，和殷門弟子商量殷海光的後事。最重要的，就是殷海光的遺著該如何整理、出版了。

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49歲的殷海光，有著800多萬字的文章和著作，特別是在《自由中國》上發表的政論文章，幾乎每篇都在臺灣產生過巨大的影響。然而該如何出版《殷海光全集》，殷門弟子卻各自有不同的意見，大致分成了兩派：一派以陳鼓應為首，一派則以李敖為首。這兩派人馬為此吵得不可開交，夏君璐夾在中間，又要考慮丈夫的後事，心情非常痛苦。

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當時還發生了一件事，一個殷門弟子在醫院當著很多人的面，說殷海光在入院前幾個月寫了一篇五萬多字論述清代問題的文稿，後來因為病發而沒有寄出。這件事傳到了李敖耳裡，對這份神秘的遺稿很感興趣，便要求夏君璐將這份遺稿交給他，夏君璐只得丟下奄奄一息的丈夫，回家去找遺稿，然而最後並沒有找到。夏君璐托人轉告李敖說沒有這份遺稿，李敖還不相信。

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殷海光在1969年9月16日與世長辭。

 

夏君璐最後還是沒有把《殷海光全集》交給李敖處理，為此李敖不斷與夏君璐糾纏，要王曉波等人一天到晚跟在夏君璐後頭，希望她改變決定，這樣的行為最後惹得夏君璐烙下狠話：「你們不要逼我！再逼我，我就不承認是殷海光的太太！我只是夏君璐！」即使如此，李敖的糾纏仍未停止。

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三年後，陳鼓應主編出版了一本紀念殷海光的書《春蠶吐絲——殷海光最後的話語》，全書25萬字，主要有殷門弟子筆錄的《殷海光先生遺囑》、《病中語錄》及殷海光致朋友、學生的部分書信。因為李敖與陳鼓應有矛盾的關係，李敖不僅沒有參與編輯，書中也沒有收錄李敖的文章。

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對此，李敖大為光火。但他更憤怒的是，這本書「把殷海光描繪成臨終的悔罪者，臨死前對中國文化看法的轉向者，這是對殷海光最卑鄙的誣衊。」書中不僅將殷海光在《自由中國》時期的貢獻輕輕帶過，也把殷海光為民主、科學的努力，反獨裁反極權的事蹟輕輕帶過。他還撰文批評：「《春蠶吐絲》其實是配合國民黨官方、徐高阮、胡秋原、徐復觀等打擊殷海光的一慣作業，是這種打擊的一種延續，它著力在把被打擊的殷海光死後扭曲化，春蠶到死，給他吐另一種妖絲，把殷先生弄得面目前非。」

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然而持平來看，當時的臺灣處在戒嚴時期，要在這麼敏感的環境下出版殷海光的著作，本來就不是一件容易的事。這事究竟孰是孰非，一時之間恐怕難以說的清了。